在历史的长河中，相国寺遭受的天灾人祸特别多，这其中既有自然原因，也有人为原因。由于相国寺地处开封市中心，地势低平，而且还是纯木建筑，因此常因被雷击而造成大火灾。另外，因为开封地势低而处于黄河中下游，因此又常遭水灾。
最后，由于它身处闹市中，难免要惹红尘的俗气，所以当佛寺远离了它的枯寂朴素而与权势和尘嚣融为一体时，即使佛光普照，但也照不了它与生俱来的灾祸了。相国寺里面藏了不少的名贵玩意儿，这对相国寺来说并不是什么好事，因为一旦发生战乱，它自然是首当其冲遭到洗劫，因此相国寺的宝物也给它带来了不少人祸。
根据历史记载，相国寺曾经发生过四次大火灾。最早的一次是唐德宗贞元年即785年至805年之间，当时首先是佛塔遭到了雷击，由于佛塔是纯木建造，立即就燃起了熊熊大火并点燃了佛塔周围的建筑物，僧众及周围群众奋力扑火，主体塔院虽没有被烧毁，但佛塔烧得已成了木炭了。
而最大的一次火灾也是发生在唐代，据史书记载，大顺二年（891年）七月十二日上半夜，汴州相国寺佛阁即排云阁发生了火灾。这一天天黑前还是小雨，但却时不时有响声很大的闪电，有人看见有一团红色火焰旋转在佛塔的周围并落入了佛塔周遭的枯藤中，四周起火后，这团火焰又向北飞去，旋转在排云阁的周围，最后落入藤网中，四周也顿时起火。
随后大雨倾盆而下，平地的积水有几尺深，可火烧得更加旺盛，蔓延到四周的民居，三天都没有熄灭。当然这里让人生疑：大雨为什么没有把火给扑灭，难道这些木建筑都浇了油在上面？根据常识推测，这些木材在建寺的时候因怕腐化都用桐油浸泡过，才会出现在雨中越烧越猛的情况。这次最严重的火灾，使唐代相国寺的损失惨重，几乎所有家当都化为了灰烬。
损失的具体情况在《宋高僧传》内有详细的记载，在大顺二年891年相国寺发生的大火灾，造成了重楼三门七宝佛殿排云宝阁文殊殿里廊，一共是四百多间，都完全化为了灰烬。而其他两次火灾，史书没有相关记载，但由于它是纯木建筑，所以每发生一次火灾，相国寺都是要受到相当大的损失的。
历史上记载相国寺所遭受的水祸就要比火灾多上三四倍。这是因为，火灾往往是雷电引起的，而有雷电的时候又往往是下大雨的时候，所以真正造成火灾的还是少数。但洪水灾害却让当时的人们无可奈何，只要黄河决堤，开封无法幸免，因此在历史上记载相国寺所遭受的大水患就有十五六次之多。
最早的水患发生在明朝洪武末年，即朱元璋统治时期，有史书说，明成祖永乐元年（1403年），明成祖朱棣命令大臣都纲、因杰等人重建相国寺，原因是洪武末年相国寺被黄河水淹没了而遭到了比较大的破坏。这里所提到的水患应该是1397年的大水患，其实在十三年前（1384年）也发生了一次水患，《明史》记载说，洪武十七年八月三日，黄河决堤水淹开封城，横流数十里。这次虽然也对相国寺有些破坏，但损失不大，因此相国寺的大事记里也就没有记载了。由此我们可以推断出在明朝第一个皇帝统治期间的黄河决堤应当是相国寺的第一次大的水患。
在这十五六次的水患中，最大的一次发生在明朝末年。根据史书记载，在明末农民大起义期间，崇祯十五年1642年九月十七日黄河决堤，据说是为了淹灭起义军。水自开封城北门冲入，然后横贯东南门冲出，水流的冲击声像打雷一样，城中百万户人家都荡然无存。当时情景是“整个开封城都成了一片汪洋，只剩下了钟鼓两楼及各王府屋脊、相国寺屋顶”。从这些记载可以推测，相国寺因遭到了洪水的浸淹而受到了很大的破坏。
当然天灾还不足以灭寺，关键还是人为的破坏。在前面历代中人为的破坏，特别是战争，在历史上记载的就有三次。但由于新朝代建立以后又对它进行修补或重建，因而，它能延续到现在。1927年冯玉祥在相国寺赶走僧人，毁坏佛像，把它改为中山市场，使相国寺遭到灭寺之灾，但在新中国成立后又对它进行了重建，特别在改革开放后，对它进行了大规模的修建，就是我们现在所看到的相国寺风貌。
